Il modello di business di Atomos punta molto sulla sinergia con aziende terze che possano proporre ed eventualmente integrare le soluzioni sviluppate.

Atomos si avvale quindi di un numero significativo di collaborazioni, più o meno strutturate, con aziende che coprano capillarmente territori specifici o che propongano soluzioni complementari: le tipologie di partner Atomos vanno dal produttore di ERP al System Integrator, dal produttore di moduli complementari al puro consulente.